Ο Ιωάννης Βιτσέντζος ή Γεροντογιάννης γεννήθηκε στο ημιερειπωμένο Μονύδριο του Τιμίου Προδρόμου Καψά το 1799 μ.Χ. Στα ερειπωμένα κελλιά της άγονης και απόμονωμένης περιοχής είχαν μεταβεί οι ευσεβείς και ενάρετοι γονείς του Εμμανουήλ και Ζαμπία λόγω τουρκικής επιδρομής. Αργότερα, όταν ησύχασε η κατάσταση, διέμειναν μόνιμα στο χωριό Λιθίνες.
Όταν ήρθε σε νόμιμη ηλικία νυμφεύθηκε την κυνηγημένη από τους Τούρκους Καλλιόπη από την οικογένεια των Γεροντάκηδων ή Γεροντήδων, η οποία ζούσε κρυμμένη και εκείνη στα νοτιοανατολικά παράλια, φοβούμενη μήπως έχει την ίδια τύχη που είχε η μοναδική αδελφή της, η οποία αυτοκτόνησε για να μην ατιμασθεί από ένα Τούρκο που είχε ενδιαφερθεί έντονα γι’ αυτήν. Γι’ αυτό και η Καλλιόπη στάλθηκε από τους γονείς της στις ερημικές ακτές της περιοχής, κοντά στην έρημη τότε Μονή Καψά και τελικά παντρεύθηκε τον Γεροντογιάννη, με τον οποίο απέκτησε τέσσερα παιδιά, τρεις κόρες κι ένα γιο.
Έφυγε από το μετόχι και εγκαταστάθηκε μόνιμα στις Λιθίνες. Οι χωριανοί, οι συγγενείς και όσοι τον γνώριζαν διαπίστωναν καθημερινά την «αλλοίωσή του». Ο σκληρόκαρδος, ευέξαπτος και εριστικός Ιωάννης μεταμορφώθηκε σε έναν μακρόθυμο, ελεήμονα, πράο και ανεξίακακο άνθρωπο. Η συνειδητή συμμετοχή του στη μυστηριακή ζωη της Εκκλησίας, οι νηστείες, οι προσευχές, οι ελεημοσύνες και η διαρκής μετάνοια καθάρισαν την καρδιά του, φώτισαν το νου του και μπόρεσε να δεχθεί μία θεία αποκάλυψη, που έμελλε να σταθεί καθοριστική για τη μετέπειτα ζωη του. Ο Γεροντογιάννης το έτος 1841 μ.Χ. σε ηλικία 42 ετών έπεσε σε βαθύ ύπνο. Αγγελος Κυρίου τον άρπαξε, όπως τον Απόστολο Παύλο, σε υψηλή θεωρία και είδε τις τάξεις των δικαίων που βρίσκονται σε ουράνια δόξα και χαρά, αλλά και τις διάφορες τιμωρίες των καταδικασμένων στην αιώνια κόλαση. Μετά από 43 ώρες ξύπνησε χαρούμενος και γαλήνιος βλέποντας γύρω του πλήθος από συγγενείς, γειτόνους και συγχωριανούς του, οι οποίοι είχαν μαζευθεί για να δουν από κοντά τι του συμβαίνει. Ανάμεσά τους και μια παράλυτη γρια, πάνω στην οποία άπλωσε το χέρι του και ψιθυρίζοντας κάποια ευχή, την θεράπευσε μπροστά στα έκπληκτα μάτια των πολυάριθμων παρευρισκομένων. Αμέσως μετά άρχισε να κηρύττει και να θαυματουργεί. Πολλοί κάτοικοι της επαρχίας Σητείας περνούσαν καθημερινά από το σπίτι του για να τον συναντήσουν και να πάρουν την ευλογία του, να δεχθούν τις συμβουλές του και να θεραπευθούν από τις διάφορες ασθένειές τους.
Το 1861 μ.Χ. προστέθηκε και το δεύτερο κλίτος της Αγίας Τριάδος στο Καθολικό της Μονής μέσα στο βράχο. Τα κτίσματα οικοδομήθηκαν σε τέσσερα επίπεδα και περιελάμβαναν κελλιά, ξενώνα, τράπεζα, μαγειρείο, φούρνο, αποθήκες και μια μεγάλη υδατοδεξαμενή για τη συλλογή των ομβρίων υδάτων.
Το 1863 μ.Χ. το μοναστήρι ήταν εντελώς έτοιμο και ο τότε Επίσκοπος Ιεράς και Σητείας Ιλαρίων τέλεσε τα εγκαίνια του Καθολικού της Μονής και προχείρισε τον κατά κόσμο Ιωάννη σε Μεγαλόσχημο Μοναχό, μετονομάζοντάς τον σε Ιωσήφ.
Ο Όσιος Γεροντογιάννης εξακολουθούσε να παραμένει στη Μονή Καψά μέχρι που ξέσπασε η επανάσταση του 1866 μ.Χ., και τότε φοβούμενος μήπως οι κατακτητές καταστρέψουν το μοναστήρι, αποφάσισε να εγκατασταθεί μαζί με τη συνοδεία του σε ένα παλιό ξεχασμένο και εγκαταλελειμμένο μοναστήρι την Αγία Σοφία, που βρίσκεται στο οροπέδιο των Αρμένων στη μέση περίπου της επαρχίας Σητείας. Στη Μονή Καψά άφησε μόνο ένα επιστάτη-μοναχό μέχρι το 1870 μ.Χ. Ο Όσιος και στην Αγία Σοφία ασχολήθηκε με την εκ βάθρων ανακαίνιση της Μονής και την καλλιέργεια των κτημάτων της, ώστε μέσα σε σύντομο χρονικό διάστημα μεταμόρφωσε κυριολεκτικά την περιοχή, γεγονός που προκέλεσε τον θαυμασμό όλων. Επειδή και εκεί πήγαιναν πολλοί προσκυνητές από τα γύρω χωριά για να τον συναντήσουν, έπεσε θύμα συκοφαντίας, οπότε επέστρεψε στην αρχική Μονή του, ύστερα από εντολή του τότε Επισκόπου Ιεράς και Σητείας Νεοφύτου.
Ο Όσιος ζούσε με έντονη άσκηση, προσευχή και νηστεία. Έτρωγε ξηρή τροφή, κυρίως ελιές, χόρτα και παξιμάδια. Τις περισσότερες ώρες της ημέρας τις περνούσε στο κελλί του προσευχόμενος. Παρακολουθούσε τις Ακολουθίες από ένα παράθυρο του κελλιού του που έβλεπε προς τον Ναό και μόνο κάθε Κυριακή, όταν κοινωνούσε τα Άχραντα Μυστήρια κατέβαινε στην Εκκλησία. Απέκτησε από τον Θεό πλούσια χαρίσματα, ώστε επιτελούσε καθημερινά πάμπολλα θαύματα σε όσους με πίστη στο Θεό πλησίαζαν κοντά του. Η φήμη του γρήγορα διαδόθηκε σε ολόκληρη την Κρήτη και στα νησιά Χάλκη, Κάσο και Σύμη, ώστε καθημερινά τον επισκέπτονταν πλήθος πιστών, ζητώντας τις σοφές συμβουλές του και οδηγίες για την καθημερινή τους ζωή. Άλλοι ζητούσαν τη θεραπεία τους από ασθένειες και την απαλλαγή τους από ακάθαρτα πνεύματα. Ο Γεροντογιάννης, διατηρώντας την εσωτερική κατάσταση της ησυχίας του και κινούμενος από άπειρη αγάπη προς τον πάσχοντα άνθρωπο κατά το πρότυπο του Κυρίου ημών Ιησού Χριστού, συμβούλευε, ενίσχυε και θεράπευε όλους τους ασθενείς, χαρίζοντάς τους με την χάρη του Κυρίου την υγεία της ψυχής και του σώματος.
Ήταν ευρύτατα γνωστό ότι ο Όσιος σταύρωνε το νερό της θάλασσας και γινόταν γλυκό. Ακόμα έριχνε το ράσο του στη θάλασσα και το χρησιμοποιούσε ως σχεδία για να μεταβαίνει τακτικά χάριν ησυχίας στο Κουφονήσι, νησί που απέχει αρκετά μίλια από τη Μονή. Επίσης ο Όσιος είχε προορατικό χάρισμα, γι’ αυτό ξεχώριζε τα κλεμμένα προϊόντα που συχνά οι προσκυνητές του έφερναν ως δώρα, ζητώντας μάλιστα απ’ αυτούς που τα έφερναν να τα γυρίσουν πίσω. Η πολυχρόνια και υπεράνθρωπη άσκηση του σώματος γρήγορα εξεσθένησαν το ασθενικό σώμα του και η φωνή του λεπτύνθηκε, ώστε μετά βίας μπορούσαν να ακούσουν οι παρευρισκόμενοι όσα τους έλεγε. Τους τελευταίους μήνες της ζωής του παρέμενε στο κελλί του κλινήρης. Προείδε τον θάνατό του και προσκάλεσε πριν την εκδημία του προς τον Κύριο όλη την Συνοδεία στο κελλί του για να τους ζητήσει συγχώρηση και να τους δώσει τις τελευταίες συμβουλές του. Άφησε διάδοχο του τον Μοναχό Ανανία, προείπε ό, τι θα συμβεί στη Μονή μετά τον θάνατό του και όρισε την ακριβή ημέρα και ώρα του θανάτου του. Από τον εγγονό του Ιωσήφ, Διάκονο τότε, και τον Ιερομόναχο Γεννάδιο ζήτησε να λειτουργήσουν μαζί και να τον κοινωνήσουν των Αχράντων Μυστηρίων.
Στις 6 Αυγούστου του έτους 1874 μ.Χ., αφού κοινώνησε, κάλεσε πάλι τους Πατέρες στο κελλί του, τους ζήτησε ξανά συγχώρηση, έκανε το σημείο του Σταυρού, πλάγιασε δεξιά και αφού σταύρωσε τα χέρια του οσιακά παρέδωσε την μεταμορφωμένη ψυχή του στον μεταμορφωθέντα Κύριο.
Η σωρός του έγινε λαϊκό προσκύνημα και πολύς κόσμος κατέκλυζε καθημερινά τη Μονή για να τον προσκυνήσει και να τον αποχεραιτίσει, ώστε έμεινε επί τρεις μέρες άταφος. Ταφηκε στις 9 Αυγούστου 1874 μ.Χ. μέσα στην Εκκλησία του Τιμίου Προδρόμου στη νοτιοδυτική γωνία σε πέτρινο λαξευμένο τάφο από τον εγγονό του και μετέπειτα ηγούμενο της Μονής Αρχιμ. Ιωσήφ Γεροντάκη. Αυτός, κινούμενος από την ευλάβεια του ευσεβούς λαού προς τον Όσιο, ανεκόμισε στη συνέχεια την τιμία Κάρα του αγίου, την οποία και απέθεσε στο πάνω μέρος του τάφου. Από την κοίμηση του Οσίου η ευλάβεια των πιστών προς τον Όσιο ήταν αμείωτη και μάλλον μέρα με την ημέρα αύξανε και διαδιδόταν από γενεά σε γενεά. Οι προσερχόμενοι στο Μοναστήρι, προσκυνούσαν την κάρα του Οσίου, όπως και την εικόνα του, ενώ έπαιρναν και χώμα από τον τάφο ως ευλογία και θεραπεύονταν.
Η ανακομιδή των λειψάνων του Οσίου Ιωσήφ έγινε στις 7 Μαΐου του έτους 1982 μ.Χ., δηλαδή 108 χρόνια από την κοίμησή του, ύστερα από ολονύκτια αγρυπνία και η μνήμη της γιορτάζεται την Τρίτη προς Τετάρτη της Διακαινησίμου. Τα ιερά λείψανα τοποθετήθηκαν μέσα σε αργυρή λάρνακα μαζί με την τίμια κάρα του σε περίβλεπτη θέση του ναού και εκπέμπουν άρρητη ευωδία.
Ακολουθία του οσίου αυτού συνέγραψε ο μοναχός Γεράσιμος Μικραγιαννανίτης, την οποία, μαζί με τον βίο του οσίου, εξέδωσε η Ιερά Μονή Τιμίου Προδρόμου Κάψα Σητείας Κρήτης, το 1993 μ.Χ./